胎儿超声异常遗传学诊断如何做到适宜又全面?
发表日期:2019-05-08 来源网站: 原文链接

——哥伦比亚大学Brynn Levy教授产前诊断经验分享

2019年3月22日晚,在春意盎然的古都南京,我们邀请了美国哥伦比亚大学产前诊断大咖Brynn Levy教授为大家分享了染色体芯片技术在产前诊断中的应用经验,并共同探讨了染色体核型分析、CMA、CNV-seq、WES等检测技术的定位及诊断路径。Levy教授结合哥大的应用经验,提出以下主要观点:

(1)对于胎儿超声异常的产前诊断,CMA+细胞遗传技术(核型分析、FISH)是实用且有效的组合;

(2)含有SNP探针的染色体芯片应用在产前诊断可避免5%(嵌合体、LOH/UPD)的漏诊;

(3)相对Panel、医学全外,全外显子组测序WES技术可提高产前诊断检出率,更适用于产前诊断;

(4)CNV-Seq技术无法检测嵌合、AOH等异常,会导致漏诊,美国临床医生更多将该技术应用在PGS领域检测非整倍体异常。

 精彩详情回顾如下: 

图1-Levy.jpg

图2-Levy讲课.jpg

Levy教授首先以“What Clinicians Need to Know about Chromosome Microarray“为题,分享了在地球另一边的哥伦比亚大学遗传实验室,在进行胎儿超声异常遗传学诊断时,细胞和分子技术,尤其是芯片技术的应用经验, 形象生动的描述了CNV(拷贝数异常)、mark染色体、三倍体和嵌合体等胎儿超声异常相关常见染色体异常的检测与分析。

图3-FISH验证.png

用5对FISH探针寻找mar的来源,但通过芯片一次检测即可判断其来源 

图4-高分辨CMA检测小片段.png

高分辨率芯片帮助提升致病关键区域的微小CNV

针对杂合性缺失(LOH)、临床致病性不明确(VOUS)等产前诊断常见疑问,Levy教授进行了分析与讨论。由于设置高密度SNP探针的染色体芯片可以帮助分析单亲二倍体(UPD)的存在和来源,以及准确检出三倍体和嵌合体,Levy引用最新的研究提出,采用高密度SNP探针(或分析)的分子检测技术,可以避免5%的漏诊。

图5-UPD.png

UPD已知致病性区域参考,并建议分辨明确致病区域的父母来源 

图6-片段与产后指征.png

除了发现CNV与超声的关系,也需要注意产后神经发育等迟发表型的综合分析

Levy教授提出Diagnostic Yields(诊断效能)的概念,实验室可通过调整阈值,聚焦致病区域分析,结合临床指征信息稳步提高诊断效能。

图7-鼓楼医院李洁主任致辞.jpg

会场照片

会议后半程,Levy还针对与会同行们关注的产前诊断技术应用与选择,尤其是对基于NGS的测序技术在产前诊断,包括超声异常遗传学诊断中的应用问题,进行了耐心的回答和分享:

问题1:国外胎儿超声异常的遗传学诊断路径是什么?是核型分析+芯片(CMA)同时检测,还是芯片做一线检测?如果CMA做一线检测,平衡性畸变如何补救?

Levy教授回答:在我们实验室(哥伦比亚大学),因为有较为充足的细胞与分子检测平台与资源,所以是采用多种技术综合应用,包括核型、芯片和FISH。当然美国也有一些实验室选择核型和芯片,还有个别实验室只做染色体芯片。

问题2:对于超声结构异常、且排除常见染色体疾病的胎儿,现阶段是否有必要将Panel、MES、 WES用于常规临床检测?哪一种检测方法更合适?WES的应用存在哪些困难和挑战?

Levy教授回答:这是一个有趣的问题,我们并没有将Panel用于产前诊断,因为这可能会丢失很多重要的信息,存在一定的风险。

产前诊断的时效性很重要,我的建议是,如果开展WES,必须配备完善的资源和人员。我们有一个团队,包括生物信息学分析人员、分子和临床遗传学专家、胎儿影像学专家等, 目前报告周期可控制在2-3周。

对于某些特定的异常,在充分评估检出率和报告周期的前提下,可以尝试MES检测,但这样会牺牲一些重要的临床诊断信息。

我们和英国关于WES产前诊断的研究结果一致,认为WES可以提高产前诊断检出率,是更适合应用于临床的一种方法。

问题3:低覆盖度高通量测序技术(CNV-Seq)的发展较快,您认为该技术可否用于产前诊断?

Levy教授回答:就像刚刚我分享的,缺少SNP探针(或分析)的分子技术,可能会造成5%的诊断效能损失,我们实验室不将该技术应用于产前诊断,仍以染色体芯片CMA做产前诊断的主要诊断方法。在美国的遗传学诊断工作中,大多医生会将CNV-Seq技术用于PGS的非整倍体检测。

问题4:产前CMA或WES发现的临床意义不明变异(VOUS)如何解释和建议?

Levy教授回答:产前诊断VOUS确实是个难题,我个人建议是:需要综合考虑其遗传方式、所涉及基因种类及既往病例报道。在美国,临床检测前的遗传咨询中,患者可知情选择是否想了解VOUS结果,检测后应及时随访并共享,为后续的产前诊断工作提供宝贵的参考信息。 

专家介绍:

“Brynn Levy教授,美国哥伦比亚大学医学中心遗传学实验室主任,担任《Prenatal Diagnosis》杂志的遗传学和基因组织学编辑,被国际公认为生殖医学基因组技术临床应用方面的专家,在分子遗传学表了关于他利用CGH微阵列和高分辨率SNP微阵列作为临床和研究工具的经验和研究文章。”


返回列表